La diversité des habitats visités pendant la mission est moyenne compte-tenu de la diversité connue en Nouvelle-Calédonie. Toutefois les biotopes clés ont été visités : zones sédimentaires lagonaires profondes, herbiers de frangeants, algueraies de frangeant (1, ST 27b/1212) et zones coralliennes de frangeants et barrières. Ces dernières se décomposent en de nombreux sous-types suivant la géomorphologie (échelle de quelques centaines de mètres à plusieurs kilomètres), l'architecture à échelle moyenne (sur quelques dizaines de mètres : taille des massifs, variation de topographie verticale, rugosité, éperons sillons, ect.), la couverture corallienne, la présence de mortalités récentes (par invasion d'Acanthaster planci ou destruction physique), le type de formes de croissances coralliennes dominantes et présence d'organismes associés ou compétiteurs (corail mou, éponges encroûtantes, algues, etc.), la présence de nouvelles recrues coralliennes. Les variations de ces facteurs s'expliquent par la profondeur et topographie du récif, l'exposition hydrodynamique (courant et vagues), et affinités/compétitions/prédation/recrutement entre organismes du récif.

L'étude des milieux et la cartographie par télédétection réalisées jusqu'à présent en Nouvelle-Calédonie n'avaient que très peu considéré les pentes externes océaniques. Cette mission a permis de combler une lacune typologique pour ce type de strate géomorphologique, compte tenu des différents profils de pentes rencontrées dans la zone 0- 20 m. Le choix des sites a été réalisé, en grande partie, en fonction des images satellites Landsat et Quickbird des différents sites, afin d'essayer de visiter des sites qui soient complémentaires et représentatifs, ou au contraire rares.

Au total, 49 stations ont été échantillonnées dans les différents habitats lagonaires et récifaux situés principalement dans la région des îles Belep et Yandé, dans la partie nord du récif des Français situé sur la côte ouest, et sur le récif Cook situé sur la côte est, jusqu'à 30 m de profondeur sur les pentes externes des récifs-barrières et dans les lagons. Les systèmes étudiés se répartissent équitablement entre des récifs associés à des îles continentales (récifs frangeants) et des récifs-barrières (platiers, pentes internes, et pentes externes). Les trois grands types de fonds lagonaires caractérisés par des types sédimentaires, sables coquilliers, sables gris et sables coralliens ont également été prospectés.

Pour les végétaux marins, 650 spécimens ont été récoltés et représentent plus de 250 taxons incluant de nombreuses algues rouges calcaires. Ces récoltes incluent du matériel alimentant plusieurs programmes axés sur la taxonomie et la phylogénie moléculaire.
Parmi ces macrophytes, 6 espèces de Phanérogames marines regroupées en 4 genres ont été récoltées sur les zones frangeantes des îles Belep et Yandé et sur certains fonds meubles de lagon. Dans cette région, les Phanérogames forment des herbiers mixtes accompagnés de nombreuses espèces d'algues (Caulerpes et Halimédes en particulier), particulièrement denses et une canopée relativement bien développés. En dépit d'un important recouvrement des feuilles par des particules terrigènes, les formations végétales étaient florissantes et la macrofaune d'invertébrés bien diversifiée. La flore algale est marquée par la diversité et l'abondance des algues rouges calcaires (Corallinacées) et la relative pauvreté de la flore non calcifiée. Elle est typiquement tropicale composée d'espèces à large répartition indo- pacifique dominée notamment par des algues vertes appartenant aux Halimeda et Caulerpa. La végétation "molle" est peu abondante, les espèces non calcifiées sont souvent cryptiques en raison vraisemblablement d'une forte pression de broutage par les herbivores et des conditions de fort hydrodynamisme notamment sur les barrières et les pentes externes où la flore coralligène prédomine. Sur les pentes externes on peut signaler quelques populations abondantes de Codium mamillosum, Callophycus serratus, Halimeda du groupe "opuntia", H. discoidea, Valonia fastigiata. Les fonds sédimentaires de lagon, abritent dans les zones de vase corallienne des algueraies mixtes à Caulerpa taxifolia, C. sertularioides et en moindre abondance Avrainvillea erecta, Udotea geppiorum et Halimeda stuposa, signalé pour la première fois dans cette région. Les fonds de sable coquillier et les fonds de sable gris à Amusium ne sont montrés particulièrement pauvres en algues. Les formations à grandes algues brunes (Sargassum decurrens et S. polycystum et Hormophysa cuneiformis) n'ont été observées que ponctuellement sur les zones frangeantes des îles de Belep et Pott, dans les zones distales des herbiers de phanérogames.

Une population remarquable de Laurencia cf majuscula (Rhodophyta) a été également observée avec les formations d'algues brunes sur la côte est de Belep. La faible représentation voire l'absence de certains taxons communs aux autres régions de Nouvelle-Calédonie mérite d'être signalée, comme les algues vertes Codium spp, Tydemania expeditionis, Halimeda heteromorpha, Padina melemele. L'ensemble de ces observations confirme les données de Garrigue (non publiées) obtenues dans les dragages réalisés en 1989 par Richer de Forges.

Pour les coraux, on compte 328 spécimens récoltés représentant au moins 235 espèces de coraux hermatypiques , auxquels il faut ajouter 3 espèces d'Hydrocoralliaires Milleporidae et 3 espèces de coraux ahermatypiques de la famille des Dendrophyllidae (Tubastrea micrantha, Tubastrea sp1 et Dendrophyllia sp.). Cet inventaire représente près des 2/3 de la richesse recensée à jour pour l'ensemble de la Nouvelle-Calédonie. L'effort d'échantillonnage peut donc être considéré dans l'ensemble comme important et très satisfaisant. Les collections se trouvent augmentées de 14 nouveaux taxons: Turbinaria bifrons, Turbinaria patula , Acropora sp1, Acropora sp2, Acropora sp3, Montipora sp1, Montipora sp2, Herpolitha weberi, Hydnophora grandis, Leptoria irregularis, Platygyra lamellina, Psammocora cf. superficialis, Stylophora cf. subseriata, Oulophyllia cf. bennettae. Et 12 espèces rares viennent de rejoindre la collection de référence des coraux de NC : Diaseris distorta, Heliofungia actiniformis, Isopora palifera, Isopora cuneata, Lobophyllia pachysepta, Psammocora haimeana, Symphyllia valenciennesii, Turbinaria frondens, Favia sp1, Favites sp1., Acropora sp4, Montipora sp3. Cet effort est appréciable pour la valeur patrimoniale de la collection de référence des coraux de NC.

Pour les invertébrés, près de 287 espèces dont 102 Mollusques, 97 Echinodermes, 34 Porifera (éponges), 20 Octocoralliaires (Gorgones et Coraux mous), 15 Ascidies, 8 Cnidaires (à l'exclusion des coraux scléractiniaires) et 11 de divers autres groupes ont été recensées pour l'ensemble des stations. De manière générale la richesse n'est pas exceptionnellement élevée pour cette grande zone en raison d'une diversité moyenne des habitats en liaison avec l'absence d'influence de la Grande-Terre. Il est a noté que les abondances observées ont toujours été relativement faibles à l'exception des herbiers de phanérogames des récifs frangeants où plusieurs espèces d'Holothuries étaient présentes. La densité des grandes espèces commerciales d'Holothuries était particulièrement faible, quelques individus (1-5) par station visitée pour les espèces les plus prisées. La plupart des espèces rencontrées sont largement réparties dans les eaux calédoniennes, seuls quelques taxons tels que l'étoile de mer des fonds meubles Poraster superbus ou encore Holothuria hamata, peuvent être cités comme typiques du lagon Nord. Sur les récifs-barrières et les pentes externes la faune épigée est relativement pauvre comparée aux récifs qui bordent la Grande-Terre, les Ascidies y sont le mieux représentées. Les grandes étendues sédimentaires dans les lagons montrent quelle que soit la nature des sédiments une faune très parsemée néanmoins intéressante avec quelques espèces qui ne se trouvent nulle part ailleurs en Nouvelle-Calédonie, ou qui forment dans cette région des populations très denses, comme celles du bivalve Amusium balloti.

Pour les Poissons, 29 stations ont été visitées, pour 214 espèces observées réparties en 84 genres et appartenant 23 familles. 3 grands types géomorphologiques ont été prospectés (récifs frangeants, récifs-barrières, et récifs intermédiaires lagonaires). Dans chacune de ces strates principales, les platiers, pentes et passes (pour le récif-barrière uniquement) ont été échantillonnées. Sur les stations récifs frangeants, platiers de barrières, platiers de récif intermédiaire, la richesse spécifique, la densité et l'abondance étaient représentatives de ces types de milieu. Les espèces dénombrées étaient souvent de tailles moyennes, voire petites. Compte tenu de la liste de familles cibles établies pour le suivi des communautés de poissons dans le cadre de l'UNESCO, les familles dominantes sont Scaridae - Siganidae - Chaetodontidae. Sur les parties intérieures des récifs-barrières. La richesse spécifique et l'abondance sont par endroit assez élevées. Certains biotopes abritent de grosses densités de poissons ; ST 33. 7 Chelinus undulatus, une grande diversité des espèces, dans les familles ; Pomacentridae-Pomacanthidae. Le Genre Centropyge, avec des espèces spécifiques à la région ; Centropyge loriculus et sp., et deux espèce, qui semblent observées pour la première fois en Nouvelle Calédonie (à confirmer) ; Labridae Cirrhilabrus exquisitus et Lethrinidae : Lethrinus erythracanthus.

Sur les stations des pentes externes de récifs-barrières, « récif des Français (côte Ouest) et récif de Cook (côte  Est) », la richesse spécifique, l'abondance et la densité caractérisent un milieu riche. Près des passes, l'abondance et la densité restent très élevées. De tels rassemblements peuvent être liés soit à des comportements de frai, soit de broutage pour certaines espèces notamment chez les Scaridae ; Scarus altipinis. Comme indicateur d'état de santé des communautés, la présence des top-prédateurs en haut de la chaine trophique (requins) est elevée. Les plus observés sont Carcharhinus amblyrhincos. La présence fréquente de petits bancs de ; Bolbometopon muricatum d'une vingtaine d'individus indique aussi a priori une faible pression humaine (pêches) dans les secteurs visités.

À l'exception des poissons qui avaient fait l'objet de plusieurs études dans cette région, les données de biologie pour les autres groupes sont originales.