La DCE repose sur une approche stationnelle, se caractérisant par le suivi de différents habitats subtidaux selon un protocole d'échantillonnage hiérarchisé. Les habitats retenus sont des habitats écologiquement importants à l'échelle de la façade. Les principaux objectifs de cette approche sont de :

• décrire les changements à moyen et long terme des écosystèmes benthiques côtiers, que ces changements soient d'origine naturelle ou anthropique,
• caractériser ces changements qualitativement (composition spécifique) et quantitativement (abondance et biomasse) en vue d'évaluer l'état de santé du milieu,
• contribuer à expliquer ces changements en considérant les parts relatives de la variabilité naturelle et/ou anthropique d'origine locale, régionale ou globale.