PACOTILLES-1

Type	Campagne océanographique
Navire	Antea
Propriétaire navire	IRD
Dates	21/04/2015 - 10/05/2015
Chef(s) de mission	FAUVELOT Cécile
	UMR ENTROPIE Laboratoire d'Oceanographie de Villefranche 181 Chemin du Lazaret 06230 VILLEFRANCHE SUR MER
DOI	10.17600/15005200
Objectif	Le principal but de PACOTILLES est d'appréhender la connectivité évolutive entre les habitats fragmentés marins des Petites Antilles, notamment par l'estimation des diversités spécifiques et génétiques au sein de chaque entité. Nous nous intéressons à trois peuplements principaux et représentatifs du compartiment benthique : les coraux, les éponges et les algues, dont les fonctions diffèrent au sein de l'écosystème, et qui représentent des indicateurs de la santé des milieux coralliens. Les objectifs spécifiques de notre étude sont : 1) dresser un inventaire taxonomique des espèces de coraux, éponges et algues sur l'ensemble de ces îles pour lesquelles les connaissances restent très fragmentaires voire inexistantes; 2) analyser la diversité cryptique d'espèces de coraux, de macroalgues et de spongiaires via une approche intégrative, en particulier dans les grottes sous-marine; 3) constituer des collections de référence pour les coraux, les éponges et le cas échéant pour les macroalgues afin d'enrichir les collections nationales, internationales et de l'IRD et alimenter la base de données collaboratives www.ecimar.org; 4) étudier la connectivité génétique de différentes espèce modèles : pour les coraux Acropora palmata et A. cervicornis, pour les éponges Oscarella spp., Leucella floridana, Clathrina spp., Leucatis clathria, Ircinia campana, en particulier); 5) contribuer à l'identification de zones d'endémisme par différentes méthodes d'analyses biogéographiques.

Résultats majeurs

1) Inventaires taxonomiques, descriptions de nouvelles espèces, et phylogénies

Grâce à un effort d'échantillonnage remarquable, ciblé sur des groupes d'espèces encore sous-étudiés et dans des environnements sous-échantillonnés, et grâce à une approche intégrative alliant analyses morphologiques et génétiques, nous avons déjà pu mettre en évidence un grand nombre d'espèces nouvelles pour la science (14 nouvelles espèces décrites à ce jour), et beaucoup sont encore en cours de description. Parmi les nouvelles espèces déjà décrites, nous pouvons citer six nouvelles espèces d'algues brunes du genre Lobophora (Viera et al. 2020a, 2020b), ainsi qu'un grand nombre d'espèces d'éponges issues de plusieurs classes (Ruiz et al. 2017, Pérez & Ruiz 2018, Lopes et al. 2018, Fontana et al. 2018, Grenier et al. 2020). Certains échantillons ont même conduit à la description de nouveaux genres, comme le genre Bidderia dans la classe des Calcarea (Lopes et al. 2018) qui a été décrit dans les îles françaises de Saint Martin et de la Guadeloupe (Figure 2B) ou le genre Aspiculophora de la classe des Homoscleromorpha (Ruiz et al. 2017), décrit en Martinique, en Guadeloupe et à Saint Martin.

Figure 2: Exemples (photographie sous-marines) de nouvelles espèces éponges découvertes dans les Antilles et décrites à partir du matériel collecté pendant la campagne PACOTILLES. A - Ernstia adunca sp. nov. (Calcarea), Le Rocher du Diamant, Martinique (Fontana et al. 2018) ; B - Bidderia bicolora gen. nov. sp. nov. (Calcarea), Circus-Tintamare, Saint Martin (Lopes et al. 2018), C - Oscarella filipoi sp. nov. (Homoscleromorpha), Anses d'Arlet, Martinique (Pérez & Ruiz 2017) ; D- Oscarella filipoi sp. nov. (Homoscleromorpha) Le Rocher du Diamant, Martinique (Pérez & Ruiz 2017).

Les échantillons d'éponges de la classe des Calcarea récoltés (656 spécimens issus de 10 sites) et analysés par une approche de taxonomie intégrative alliant analyses morphologiques et génétiques ont permis de réaliser un premier inventaire. Sur les 485 spécimens déjà analysés, et nous avons trouvé jusqu'à présent 40 espèces (8 genres) de Calcinea et 12 espèces (6 genres) de Calcaronea. Une variabilité significative de l'abondance de Calcarea et de la richesse des espèces à l'échelle des Petites Antilles est enregistrée, mais ces observations restent à mettre en relation avec l'effort d'échantillonnage déployé dans chaque île. Les échantillons collectés en Martinique ont spécifiquement fait l'objet d'un article mettant en évidence 11 espèces issues de six genres, dont trois espèces sont nouvelles pour la science (Fontana et al. 2018): Borojevia crystallina sp. nov., Clathrina delicata sp. nov., and Ernstia adunca sp. nov. (Figure 2A).

Environ la moitié des éponges collectées lors de la campagne PACOTILLES appartiennent à la classe des Demospongiae qui sont de loin les plus abondantes et la classe des Porifera la plus connue. L'étude taxonomique de cette classe est possible grâce à la coordination des différentes expertises disponibles au sein du LIA MARRIO, et elle implique parfois aussi des collaborateurs externes. Aujourd'hui, près de 75% de ces échantillons ont subi un premier traitement, le reste de la collection faisant actuellement l'objet d'une identification rapide au niveau du genre ou de la Famille, afin de les distribuer à nos collaborateurs. Outre sa contribution significative à l'inventaire de la faune des spongiaires des Caraïbes, ce matériel sert également les questions de systématique, de cosmopolitisme, de connectivité à l'échelle de la Grande Caraïbe ou encore de l'Atlantique tropical occidental et de chimie des produits naturels.

Pour les coraux, le nombre d'espèces enregistrées au cours de la campagne est de 53 (48 Scléractiniaires et 5 Hydrocoralliaires). Sur l'ensemble de la région Caraïbe, 116 espèces sont connues. La richesse spécifique entre les sites varie de 9 espèces, pour un lagon très dégradé, à 30, pour des zones récifales en bon état. La richesse moyenne, estimée à 23 ± 3,4 espèces par site, est relativement élevée pour la région des Caraïbes. Siderastrea siderea, Porites astreoides, ainsi que Hydrocorallaria Millepora alcicornis sont des espèces considérées ubiquistes puisqu'elles sont présentes dans plus de 97 des stations étudiées. Ce sont des espèces naturellement très résistantes à l'altération de leur environnement et, par conséquent, leur importance quantitative s'est accrue sur les récifs des Caraïbes au cours des dernières décennies à mesure qu'ils se détériorent. A l'inverse, certaines espèces autrefois communes dans les Petites Antilles sont raréfiées. Il s'agit, de manière spectaculaire, de l'acropore Acropora cerviconis qui n'existe que dans quelques sites. De même, dans la famille des Mussidae, les espèces appartenant au genre Mycetophyllia se font de plus en plus rares.

Chez certains taxons, notamment les éponges de la classe des Homoscleromorpha, celles de la famille des Verongimorpha (classe des Desmosponges) et les algues vertes de la famille des Udoteaceae, la découverte de ces nouvelles espèces ou lignées a bouleversé la systématique du groupe (Ruiz et al. 2017, Lagourgue et al. 2018), appelant à des révisions taxonomiques. Cependant, plus généralement, les échantillons récoltés ont permis de compléter les phylogénies grâce aux séquences des taxons pour lesquels aucune donnée génétique n'était disponible avant cette étude, et les phylogéographies pour d'autres espèces pour lesquelles nous avons des échantillons provenant de sites alentours.

2) L'arc antillais : un hotspot de biodiversité marine dans l'Atlantique Nord?

Chez les algues brunes du genre Lobophora (illustration Fig.3A-I), nos résultats ont mis en évidence que la région Caraïbe se distingue comme un point chaud de diversité dans l'océan Atlantique Nord. De façon remarquable, la Caraïbe orientale, dans laquelle se situe l'Arc Antillais, s'est avérée être l'écorégion la plus diversifiée de la Grande Caraïbe, avec 16 espèces sur les 19 espèces recensées dans l'Atlantique (Fig. 3J). Sur ces 16 espèces, 11 se trouvent exclusivement dans la Grande Caraïbe. Les analyses biogéographiques montrent que la Grande Caraïbe a été une région réceptrice pour les espèces de Lobophora de l'Indo-Pacifique et une région de diversification, ainsi qu'une région exportatrice pour l'Atlantique du Nord-Est. Les résultats montrent que la Grande Caraïbe peut donc génèrer et exporter de la diversité.

Figure 3: Photographies sous-marines de quelques espèces de Lobophora rencontrées au cours de la mission PACOTILLES: Lobophora canariensis from Saint Lucia, voucher CP15460 (A); L. declerckii from Saint Lucia, voucher CP15434 (B); L. dickiei sp. nov. from Martinique, voucher CP15086 (C); L. guadeloupensis from Curaçao, voucher CWV0822 (D); L. lamourouxii sp. nov. from Saint Vincent, voucher CP15164 (E); L. richardii sp. nov. from Martinique, voucher CP15127 (F); L. variegata from Saint Martin, voucher CP15730 (G); L. colombiana from Bequia, voucher CP15268 (H); and L. setchellii sp. nov. from Saint Vincent, voucher CP15174 (I). Carte représentant la diversité des espèces de Lobophora par province (J) avec le nombre d'espèces enregistrées par province sur les 18 espèces de Lobophora identifiées dans la région Caraïbe (Viera et al. 2020a).

Les résultats issus des échantillons d'algue verte de la famille Udotecea sont remarquablement similaires (Lagourgue et al. 2018). Les résultats de la délimitation des espèces à partir des données génétiques ont mis en évidence, dans l'ensemble de la Caraïbe, 18 espèces putatives parmi lesquelles 15 ont pu avoir un nom attribué à partir des observations morpho-anatomiques (Figure 4). Ces 15 taxons appartiennent aux genres Udotea (8 espèces), Penicillus (4), Rhipocephalus (2), et Rhipidosiphon (1). Une espèce peut être nouvelle pour la science est suspectée, car ses caractères morpho-anatomiques ne correspondent à aucune des espèces connues, mais nous recommandons la révision et la redéfinition préalables du genre Udotea avant que cette espèce puisse être décrite avec certitude. Parmi toutes les espèces, 16 étaient présentes dans les Petites Antilles, soulignant ainsi la diversité de cette sous-région.

Figure 4: Arbre phylogénétique issues des séquences des échantillons l'Udoteceae récoltés au cours de la mission PACOTILLES. À chaque n?ud, les cercles représentent les valeurs du bootstrap ML (à gauche) et les probabilités postérieures bayésiennes (à droite) : un cercle noir indique un fort support (bs > 95; PP > 0.98), un cercle gris représente un support modéré (95 > bs > 60; 0.98 > PP > 0.70), et un cercle blanc indique l'absence de support (bs < 60 and PP < 0.70). L'ID du nombre d'espèces putatives (SSH, selon l'analyse de délimitation des espèces), le port morphologique et les caractères diagnostiques sont indiqués dans les colonnes de droite (Lagourgue et al. 2018).

Plus généralement, à l'échelle de l'arc Antillais, les inventaires taxonomiques dans les groupes que nous avons étudiés ont mis en évidence qu'en dépit de sa localisation périphérique dans la région caribéenne, l'arc antillais révèle une très forte diversité spécifique (voir les exemples précédemment cités, avec le plus grand nombre d'espèce enregistré pour le bassin Caribéen présentes dans l'Arc Antillais). Après les travaux réalisés sur les éponges, La Martinique se singularise particulièrement comme un hotspot peu égalé à l'échelle de la Caraïbe (Pérez et al. 2017).

Ces résultats s'expliquent partiellement par l'inclusion des données génétiques dans ces inventaires, ayant permis l'identification de plusieurs espèces cryptiques. Notre étude souligne donc l'importance d'utiliser des approches taxonomiques moléculaires pour évaluer avec précision les niveaux de diversité spécifique et d'endémisme, particulièrement dans les régions périphériques insulaires qui agissent comme des incubateurs évolutifs. Elle souligne également qu'un échantillonnage basé sur des identification moléculaires bouleverse les patrons biogéographiques que nous connaissions.

3) Diversité génétique et connectivité à l'échelle de l'Arc Antillais

Les échantillons populationnels collectés pour les analyses de connectivité ont mis en évidence des patrons similaire pour les trois espèces pour lesquelles les données sont déjà disponibles, avec cependant des niveaux de différentiation génétique différents en fonction des espèces. Pour les trois espèces (les coraux Acropora palmata et Porites astreoides, et l'éponge Ircinia campana), nous avons observé une relation significative entre les distances génétiques et les distances géographiques entre sites d'études (Figure 5). Ce schéma d'isolement par la distance peut s'expliquer par une dispersion larvaire limitée par la distance géographique combinée au contexte géographique spécifique de l'archipel des Petites Antilles, c'est-à-dire de petites îles plus ou moins régulièrement espacées les unes des autres de quelques kilomètres et alignées selon un axe nord-sud.

Figure 5 : Relation entre les distances génétiques (Fst standardisé) et les distances géographiques entre sites le long de l'Arc Antillais pour Ircina campana (A) et Acropora palmata (B)

Pourtant, des différences de patrons existent entre espèces, principalement liés au mode de reproduction de l'espèce et aux capacités dispersive des larves, la dispersion larvaire étant le seul moyen pour ces espèces fixées d'assurer une connectivité entre populations locales. Chez l'espèce Acropora palmata, espèce en danger d'extinction dans toute la région Caraïbe, l'analyse de la structure génétique a mis en évidence une structuration relativement faible mais significative à l'échelle de l'arc Antillais, avec des populations locales non génétiquement différenciées entre certaines iles proches (Figure 6). Les analyses d'autocorrélation spatiale ont révélé une dispersion larvaire limitée à moins de 1km, avec une direction du flux génétique principalement orienté vers le nord, en accord avec les courants de surface de l'océan dans la région. Ces résultats suggèrent que les populations les plus méridionales sont des sources potentielles de larves pour les îles les plus septentrionales et jouent un rôle clé dans le réensemencement des populations d'A. palmata des Petites Antilles (Japaud et al. 2019).

Figure 6 : Structure génétique des populations du corail Acropora palmata et leur répartition géographique dans l'arc antillais A : Carte de la zone d'étude avec les sites échantillonnés pendant la campagne PACOTILLES indiqués par un label « PAC »; B : Analyse des coordonnées principales (PCoA) basée sur les similitudes génétiques entre populations échantillonnées à l'aide de 13 loci microsatellites. Les populations partageant la même couleur (c'est-à-dire le bleu ou orange ou vert) ne se sont pas révélées génétiquement différenciées.

En revanche, pour l'éponge I. campana, une structuration génétique significativement plus forte a été observée entre les sites échantillonnés sur la même zone d'étude (F_ST allant de 0,015 à 0,143 entre les sites les plus éloignés, la Guadeloupe et Mayreau) et, contrairement à A. palmata, quatre clusters génétiquement différenciés ont été observés à l'échelle de l'Arc Antillais (Figure 7), correspondant aux quatre îles/zones échantillonnées : (i) la Guadeloupe, (ii) la Martinique, (iii) Sainte-Lucie et (iv) Saint-Vincent-et-les-Grenadines (Griffiths et al. 2020). Cette forte structuration génétique suggère une dispersion très limitée, comme on peut s'y attendre avec les éponges vivipares : bien que la durée de vie des larves pélagiques d' Ircina campana soit inconnue, elle varie généralement de quelques heures à quelques jours dans les éponges. La comparaison de ces deux études permet de mettre en évidence une dispersion larvaire plus limitée pour I. campana comparée à A. palmata. Une étude en cours de finalisation de l'éponge ovipare Clathrina aurea pourrait apporter des informations complémentaires (Condor-Lujan, soumis).

Figure 7 : Structure génétique des populations de l'éponge Ircinia campana. Chaque barre représente un individu ; les couleurs représentent l'appartenance un un cluster génétique, et les hauteurs des barres représentent les proportions d'appartenance à chaque cluster. L'analyse a d'abord été effectuée sur tous les sites, montrant K=4 groupes génétiques (a) ; des analyses séparées ont ensuite été effectuées sur les groupes multisites qui y ont été identifiés (b, c), montrant K=4 (b) et K=2 (c) groupes génétiques (Griffith et al. 2020a)

Les échantillons du corail Porites astreoides ont également été analysés à l'aide de marqueurs microsatellites (Riquet et al. soumis) mais ils sont actuellement réanalysés via une approche génomique RadSeq. Les premières analyses semblent mettre en évidence des lignées génétiques cryptiques vivant en sympatrie. Ces analyses génétiques seront accompagnées d'analyses morphométriques planifiées pour le début de 2021.

Données acquises et analyses effectuées en mer et à terre

La campagne océanographique PACOTILLES s'est déroulée du 21 avril au 2 juin 2015 à bord du navire de recherche océanographique ANTEA, à travers 13 îles de l'Arc antillais (pour lesquelles il a fallu dans un premier temps obtenir des autorisations de travail et de prélèvement), pour les îles françaises : St Martin, Guadeloupe, Les Saintes et Martinique, et pour les îles étrangères, Anguilla (UK) Antigua-et-Barbuda, Saba (NL), Ste Lucie, St Vincent et les Grenadines (Bequia, Union Island et Mayreau). La campagne a réuni 18 scientifiques appartenant à huit institutions françaises et étrangères (IRD, CNRS, Université des Antilles, Université de la Réunion, Université de Nice Sophia Antipolis, Manchester University (UK), Federal University of Rio de Janeiro (Brazil) and Florida Atlantic University (USA)), avec une parité parfaite. La campagne a été organisée en deux LEGS. Le premier leg était axé sur l'étude de la biodiversité et de la connectivité des populations d'espèces dites généralistes des récifs frangeants, tandis que le second était consacré à l'étude de la biodiversité et de la connectivité des populations d'espèces typiques des grottes sous-marines des Petites Antilles (éponges et mysidacés notamment). A travers les Petites Antilles et sur les deux legs, un total de 81 sites ont été étudiés en plongée sous-marine ou en apnée : 42 sites pendant le leg1, et 39 pendant le leg2 (Figure 1). Il convient de noter que de nombreux sites étaient communs aux deux legs.

Fig. 1: Carte de l'Arc Antillais, avec localisation des sites de plongées (en rouge, ceux du 1er Leg, en jaune, ceux du second Leg, à savoir que bcp de sites étaient partagés entre les deux legs)

Pour chaque Leg de la campagne, les opérations ont consisté à réaliser des plongées sous-marine (généralement deux par jour), au cours desquelles des observations ont été effectuées (évaluation de la biodiversité principalement des poissons et coraux, photo quadrats) et des échantillons d'éponges, coraux, algues et crustacés collectés pour la taxonomie, la systématique et des études de connectivité des populations. Des échantillons ont été apportés aux laboratoires de chaque spécialiste et traités pour répondre aux différentes questions du projet. En résumé, dans l'ensemble des 81 sites étudiés en plongée sous-marine ou en apnée, nous avons collecté 845 échantillons de macroalgues, 1100 échantillons de coraux (Acropora spp. et Porites astreoides), environ 100 Mysidaceae et Copepodes des grottes sous-marines et plus de 1300 échantillons d'éponge. Au total, 53 espèces de coraux ont été recensées et 146 espèces de poissons de récif ont été observées sur les 228 référencées dans les Caraïbes. Des analyses moléculaires et métabolomiques sont toujours en cours sur les coraux, les éponges et les macroalgues, mais les résultats préliminaires montrent un grand nombre de nouvelles espèces dans la collection Homosleromorpha (éponges), dont certaines sont décrites (voir ci-dessous). En plus des échantillons collectés pour les travaux de taxonomie et l'évaluation de la connectivité, des levés topographiques des différentes grottes et quadrats ont fourni des descriptions détaillées de chacune des grottes. Les données et échantillons acquis grâce à la campagne PACOTILLES ont été utilisés pour alimenter six thèses de doctorat.

Données archivées au Sismer

Bibliographie

Publications

ICES (2024). Workshop on the Occurrence of VMEs (Vulnerable Marine Ecosystems) and Fishing Activities in EU waters of the Outermost Regions (WKOUTVME). ICES Scientific Reports/Rapports scientifiques du CIEM, 6(45), 213p. Publisher's official version : https://doi.org/10.17895/ices.pub.26057743 , Open Access version : https://archimer.ifremer.fr/doc/00899/101048/

Lagourgue Laura, Rousseau Florence, Zubia Mayalen, Payri Claude E. (2023). Diversity of the genus Avrainvillea (Dichotomosiphonaceae, Chlorophyta): new insights and eight new species. European Journal Of Phycology, 58(4), 399-426. Publisher's official version : https://doi.org/10.1080/09670262.2023.2164907 , Open Access version : https://archimer.ifremer.fr/doc/00822/93398/

Ruiz Cesar, Ereskovsky Alexander, Perez Thierry (2022). New Skeleton-Less Homoscleromorphs (Porifera, Homoscleromorpha) from the Caribbean Sea: Exceptions to Rules are Definitely Common in Sponge Taxonomy. Zootaxa, 5200(2), 128-148. https://doi.org/10.11646/zootaxa.5200.2.2

Riquet Florentine , Japaud Aurélien, Nunes Flavia , Serrano Xaymara M., Baker Andrew C., Bezault Etienne, Bouchon Claude, Fauvelot Cécile (2022). Complex spatial patterns of genetic differentiation in the Caribbean mustard hill coral Porites astreoides. Coral Reefs, 41(3), 813-828. https://doi.org/10.1007/s00338-021-02157-z

Lagourgue Laura, Leliaert Frederik, Payri Claude E. (2022). Historical biogeographical analysis of the Udoteaceae (Bryopsidales, Chlorophyta) elucidates origins of high species diversity in the Central Indo-Pacific, Western Indian Ocean and Greater Caribbean regions. Molecular Phylogenetics And Evolution, 169, 107412 (12p.). Publisher's official version : https://doi.org/10.1016/j.ympev.2022.107412 , Open Access version : https://archimer.ifremer.fr/doc/00745/85665/

Lagourgue Laura, Payri Claude E. (2022). Large scale diversity reassessment, evolutionary history, and taxonomic revision of the green macroalgae family Udoteaceae (Bryopsidales, Chlorophyta). Journal Of Systematics And Evolution, 60(1), 101-127. Publisher's official version : https://doi.org/10.1111/jse.12716 , Open Access version : https://archimer.ifremer.fr/doc/00665/77719/

Lagourgue Laura, Payri Claude E. (2021). Diversity and taxonomic revision of tribes Rhipileae and Rhipiliopsideae (Halimedaceae, Chlorophyta) based on molecular and morphological data. Journal Of Phycology, 57(5), 1450-1471. Publisher's official version : https://doi.org/10.1111/jpy.13186 , Open Access version : https://archimer.ifremer.fr/doc/00694/80637/

Cóndor-Luján Báslavi, Leocorny Pedro, Padua André, Azevedo Fernanda, Seixas Victor Corrêa, Hooker Yuri, Hajdu Eduardo, Willenz Philippe, Pérez Thierry, Klautau Michelle (2021). Evolutionary history of the calcareous sponge Clathrina aurea: genetic connectivity in the Western Atlantic and intriguing occurrence in the Eastern Pacific. Marine Biology, 168(127), 23p. https://doi.org/10.1007/s00227-021-03934-8

Griffiths Sarah M., Butler Mark J., Behringer Donald C., Pérez Thierry, Preziosi Richard F. (2021). Oceanographic features and limited dispersal shape the population genetic structure of the vase sponge Ircinia campana in the Greater Caribbean. Heredity, 126(1), 63-76. Publisher's official version : https://doi.org/10.1038/s41437-020-0344-6 , Open Access version : https://archimer.ifremer.fr/doc/00641/75333/

Vieira Christophe, Morrow Kathleen, D'Hondt Sofie, Camacho Olga, Engelen Aschwin H., Payri Claude E., de Clerck Olivier (2020). Diversity, ecology, biogeography and evolution of the prevalent brown algal genus Lobophora in the greater Caribbean sea, including the description of five new species. Journal Of Phycology, 56(3), 592-607. Publisher's official version : https://doi.org/10.1111/jpy.12986 , Open Access version : https://archimer.ifremer.fr/doc/00614/72570/

Vieira Christophe, Henriques Filipe, D'Hondt Sofie, Neto Ana, Almada Carmen H., Kaufmann Manfred, Sansón Marta, Sangil Carlos, Clerck Olivier De (2020). Lobophora (Dictyotales) Species Richness, Ecology and Biogeography Across the North ‐ Eastern Atlantic Archipelagos and Description of Two New Species 1. Journal Of Phycology, 56(2), 346-357. Publisher's official version : https://doi.org/10.1111/jpy.12956 , Open Access version : https://archimer.ifremer.fr/doc/00654/76573/

Griffiths Sarah M., Taylor-Cox Evelyn D., Behringer Donald C., Butler Mark J., Preziosi Richard F. (2020). Using genetics to inform restoration and predict resilience in declining populations of a keystone marine sponge. Biodiversity And Conservation, 29(4), 1383-1410. Publisher's official version : https://doi.org/10.1007/s10531-020-01941-7 , Open Access version : https://archimer.ifremer.fr/doc/00646/75824/

Grenier Marie, Ruiz César, Lage Anaira, Perez Thierry (2020). New cave-dwelling Plakina (Plakinidae, Homoscleromorpha, Porifera) from Martinique Island (French Antilles). Zootaxa, 4729(1), 92-104. https://doi.org/10.11646/zootaxa.4729.1.6

Japaud Aurélien, Bouchon Claude, Magalon Hélène, Fauvelot Cécile (2019). Geographic distances and ocean currents influence Caribbean Acropora palmata population connectivity in the Lesser Antilles. Conservation Genetics, 20(3), 447-466. Publisher's official version : https://doi.org/10.1007/s10592-019-01145-9 , Open Access version : https://archimer.ifremer.fr/doc/00477/58879/

Lopes Matheus, V, Condor-Lujan Baslavi, Azevedo Fernanda, Perez Thierry, Klautau Michelle (2018). A new genus of calcareous sponge discovered in the Caribbean Sea: Bidderia gen. nov (Porifera, Calcarea, Calcinea). Zootaxa, 4526(1), 56-70. https://doi.org/10.11646/zootaxa.4526.1.4

Lagourgue Laura, Puillandre Nicolas, Payri Claude (2018). Exploring the Udoteaceae diversity (Bryopsidales, Chlorophyta) in the Caribbean region based on molecular and morphological data. Molecular Phylogenetics And Evolution, 127, 758-769. https://doi.org/10.1016/j.ympev.2018.06.023

Fontana Tayara, Condor-Lujan Baslavi, Azevedo Fernanda, Perez Thierry, Klautau Michelle (2018). Diversity and distribution patterns of Calcareous sponges (subclass Calcinea) from Martinique. Zootaxa, 4410(2), 331-369. https://doi.org/10.11646/zootaxa.4410.2.5

Perez Thierry, Ruiz Cesar (2018). Description of the first Caribbean Oscarellidae (Porifera: Homoscleromorpha). Zootaxa, 4369(4), 501-514. https://doi.org/10.11646/zootaxa.4369.4.3

Ruiz Cesar, Muricy Guilherme, Lage Anaira, Domingos Celso, Chenesseau Sandrine, Perez Thierry (2017). Descriptions of new sponge species and genus, including aspiculate Plakinidae, overturn the Homoscleromorpha classification. Zoological Journal Of The Linnean Society, 179(4), 707-724. https://doi.org/10.1111/zoj.12480

Références des publications parues dans d'autres revues ou des ouvrages scientifiques faisant référence dans la discipline

Pérez, T., Chevaldonné, P. 2019. Plongée sous-marine dans des grottes. In : Arnaud, N., Thiébault, S. (Eds.). L'Atlas des nouveaux mondes. Territoires d'exploration et de découverte. Le Cherche Midi / CNRS, Paris : 36-37.

Références des rapports techniques

Fauvelot Cécile, Perrez Thierry (2018). PACOTILLES. PAtterns of diversity and COnnectivity in Lesser AnTILLES (West Indies). Preliminary Report.

Fauvelot C, Pérez T. (2018) Preliminary results of PACOTILLES: PAtterns of diversity and COnnectivity in Lesser AnTILLES (West Indies). Rapport intermédiaire d'activités, distribué aux autorités compétentes des pays concernés par la mission océanographique.

Références des articles parus dans des revues ou des journaux à grand public

Guadeloupe 1ère (2015) Une mission scientifique nommée "Pacotilles". https://la1ere.francetvinfo.fr/guadeloupe/2015/04/21/une-mission-scientifique-nommee-pacotille-249685.html

Article de presse dans le journal de la Reserve Naturelle de Saint Martin (2015) PACOTILLES : Une campagne pour améliorer la connaissance des fonds marins. Journal 23, Juillet 2015, p6 https://reservenaturelle-saint-martin.com/fr/journal-newsletter/newsletter-23/une-campagne-pour-ameliorer-la-connaissance-des-fonds-marins

Article de presse dans le journal « Le Marin » (2015) La magie des éponges marines. Hebdomadaire n° 3551 du 31 juillet 2015, p. 20-21

Article de presse dans le journal « Le Pélican » (2015) Mieux comprendre la vie sous-marine. http://www.lepelican-journal.com/saint-martin/environnement/Mieux-comprendre-la-vie-sous-marine-7960.html

Article sur le site internet de la Réserve naturelle de Saint Martin (2015) PACOTILLES passe l'éponge. https://reservenaturelle-saint-martin.com/fr/themes/lamelioration-des-connaissances-sur-les-espaces-et-les-especes-protegees

Références des communications dans des colloques internationaux

Fauvelot C, Riquet F, Daguin-Thiébaut C, Nuñes F, Japaud A, Bézault E, Irisson J-O, Bouchon C. (2019) Porites astreoides throughout the Caribbean: the success of one or several species? Fifth International Marine Connectivity (iMarCo) Conference, 24-26 Sept. 2019, Aveiro, Portugal

Chevaldonné, P., Ruiz, C., Grenier, M., Klautau, M., Pérez, T. & the PACOTILLES team. 2018. Marine caves of the Lesser Antilles: A preliminary community survey conducted during the 2015 PACOTILLES cruise with an emphasis on sponges. 4th International Workshop on Taxonomy of Atlanto-Mediterranean Deep-Sea and Cave Sponges, Marseille, 10-15 September 2018.

Japaud A, Bouchon C, Fauvelot C. (2017) Genetic diversity, genotypic diversity and connectivity of Acropora in french West Indies. Workshop du réseau thématique pluridisciplinaire international (RTPI) Caraibes du CNRS-INEE. 10-12 juin 2017, Marseille, France

Chevaldonné, P., Boury-Esnault, N., Diaz, M.C., Dubois, M., Ereskovsky, A., Ruiz, C., Grenier, M., Vacelet, J., Klautau, M., Pérez, T. 2017. Exploring remote islands and remote habitats: the key role of hidden cave sponges in solving systematic issues. 2ème Workshop du Réseau Thématique Pluridisciplinaire International (RTPI) Caraïbes du CNRS-INEE. Station Marine d'Endoume, Marseille, 12-13 June 2017.

Chevaldonné, P., Boury-Esnault, N., Díaz, M.C., Dubois, M., Ereskovsky, A., Ruiz, C., Grenier, M., Vacelet, J., Klautau, M., Pérez, T., 2017. Exploring remote islands and remote habitats: the key role of hidden cave sponges in solving systematic issues. 10th World Sponge Conference, Galway, Ireland, June 25-30, 2017.

Díaz, M.C., Chevaldonné, P., Dubois, M., Grenier, M., Ruiz, C., Ereskovsky, A., Vacelet, J., Boury-Esnault, N., Pérez, T. 2017. Are we there yet? Novel families and genera revealed within Verongimorpha while expanding geographic and habitats explorations. 10th World Sponge Conference, Galway, Ireland, June 25-30, 2017.

Ereskovsky, A., Chevaldonné, P., Dubois, M., Grenier, M., Tokina, D., Pérez, T. 2017. Three new Halisarca-like sponges (Porifera, Verongimorpha) from tropical seas. 10th World Sponge Conference, Galway, Ireland, June 25-30, 2017.

Fauvelot C, Pérez T, Azevedo F, Bouchon C, Bouchon Y, Chevaldonné P, Chenesseau S, Condor-Lujan, B, Diaz C, Ereskovsky A, Griffith S, Magalon H, Menou J-L, Payri C, Thomas O, Ruiz C, Vecelet J, Vanbostal L. (2017) PACOTILLES : PAtrons de diversité et COnnectivité des Petites AnTILLES. Workshop du réseau thématique pluridisciplinaire International (RTPI) Caraibes du CNRS-INEE. 10-12 juin 2017, Marseille, France

Pérez, T., Klautau, M., Thomas, O.P., the MARRIO team. 2017. The International Associated Laboratory MARRIO (France, Brazil, Ireland): Patterns of sponge biodiversity and chemical diversity from Martinique to Rio de Janeiro. 10th World Sponge Conference, Galway, Ireland, June 25-30, 2017.

Dubois, M., Diaz, M.C., Chevaldonné, P., Ruiz, C., Grenier, M., Chenesseau, S., Pérez, T. 2016. Molecular investigation of new Verongimorpha suggests several new taxa: species, genera, families, etc. 2nd Workshop LIA MARRIO, Rio de Janeiro, Brazil, 31 October - 4 November 2016.

Références des nouvelles espèces (animales, végétales, microorganismes) décrites, lieux où sont déposés les holotypes

Lobophora agardhii sp.nov. (2020) C. Payri & C.W. Vieira Holotype: NOU 201772 [CP15811] Type locality: Rocher Alizé (18.1173, -63.226333), Saint Martin, Leeward Islands, Lesser Antilles, West Indies. https://doi.org/10.1111/jpy.12986

Lobophora dickiei sp. nov. Payri & C.W. Vieira (2020) Holotype NOU 201781 [CP15473]. Type locality: Trou du Diable (13.860833, -61.074167), Saint Lucia, Windward Islands, Lesser Antilles, West Indies. https://doi.org/10.1111/jpy.12986

Lobophora lamourouxii sp. nov. Payri & C.W. Vieira (2020) Holotype NOU 201665 [IRD11176, CP15166]. Type locality: Wallibou (13.333, -61.221617), Saint Vincent, Windward Islands, Lesser Antilles, West Indies. https://doi.org/10.1111/jpy.12986

Lobophora setchellii sp. nov. C.W. Vieira & Payri (2020) Holotype NOU 206223 [CP15174]. Type locality: Château Bel Air Bay (13.29955, -61.2483), Saint Vincent, Windward Islands, Lesser Antilles, West Indies. https://doi.org/10.1111/jpy.12986

Lobophora caboverdeana sp. nov. C.W. Vieira, C.H. Almada (2020) Type locality, Cabo verde. Holotype: CHA002, collected 26 November 2018, deposited in the Herbarium of the Botanic Garden Meise, Belgium (BR). Paratype: CP15294 collected 28 April 2015, West Cay, Bequia, leg. C. Payri. https://doi.org/10.1111/jpy.12956

Lobophora richardii sp. nov. C.W. Vieira & Payri (2020) Holotype NOU 201785 [IRD11170, CP15127]. Type locality: Diamant (14.6579, -61.15755), Martinique, Windward Islands, Lesser Antilles, West Indies. https://doi.org/10.1111/jpy.12986

Bidderia bicolora gen. nov. sp. nov. Lopes, Cóndor-Luján, Azevedo, Pérez & Klautau (2018) Holotype, UFRJPOR 8227, Chico 2, Tintamare Island, Saint Martin, Caribbean Sea (18°06.501' N, 62°59.005' W), 20 m depth, coll. B. Cóndor-Luján, 27 May 2015. https://doi.org/10.11646/zootaxa.4526.1.4

Clathrina delicata sp. nov. Fontana et al. (2018) Holotype: UFRJPOR 7841, Anse Noire, Anses d¿Arlet, Martinique (14°32.024' N-61°05.278' W), collected by B. Cóndor-Luján, 14 May 2015, 6 m depth. https://doi.org/10.11646/zootaxa.4410.2.5

Ernstia adunca sp. nov. Fontana et al., (2018) Holotype: UFRJPOR 7644, Le Rocher du Diamant, Martinique (14°26.556' N-61°2.408' W), collected by F. Azevedo, 25 April 2015, 18.8 m. depth. https://doi.org/10.11646/zootaxa.4410.2.5

Oscarella filipoi sp. nov. T. Pérez & C. Ruiz (2018) Holotype: MNHN-DJV193: Martinique, Le Diamant, Caribbean Sea. Site «Tunnel du Diamant » (14°26.556'; N, 61°2.408'; W), 10 m depth, date 11/06/2011. Sample code: 120325-MT1TP14 collector T. Pérez; Paratype 2: MNHN-DJV195: Saint Martin, Caribbean Sea. Site « Rocher Créole» (18°07.038'; N, 063°03.419'; W), 10 m, date 26/05/2015. Sample code: 150526-SN3CR08 collector C. Ruiz. https://doi.org/10.11646/zootaxa.4369.4.3

Oscarella zoranja sp. nov. T. Pérez & C. Ruiz (2018) Holotype: MNHN-DJV196: Martinique, Anses d'Arlet, Caribbean Sea. Site « Grotte Couleur » (14°29.752'N, 61°05.407'W), 7 m depth, date 11/06/2011. Sample code: 110611-MT3TP5, collector T. Pérez; Paratype 2: MNHN-DJV198: Martinique, Le Diamant, Caribbean Sea. Site « Grotte Zeb » (14°27.832' N, 61°01.065' W), 19 m depth, date 15/05/2016. Sample code: 150516-MT4CR13, collector C. Ruiz. https://doi.org/10.11646/zootaxa.4369.4.3

Borojevia crystallina sp. nov. Fontana et al., (2018) Holotype: UFRJPOR 7937, Le Rocher du Diamant, Martinique (1426.556'N-612.408' W), collected by B. Cóndor-Luján, 15 May 2015, 12 m depth. https://doi.org/10.11646/zootaxa.4410.2.5

Plakina arletensis sp. nov. C. Ruiz, G. Muricy, A. Lage, C. Domingos, S. Chenesseau & T. Pérez (2017) Holotype: MNHN-DJV177, Grotte Chauve-Souris at 12 m depth, Anse Noire, La Martinique (14°32.024'N, 61°05.278'W). Collector: T. Pérez, 10 December 2013. Other specimens examined: 150530-GU6-TP04, Grotte Amédien at 12 m depth, La Guadeloupe (16°30.033'N, 061°28.774'W). Collector: T. Pérez, 30 May 2015; 150516-MT8-CR03, Anse Fortune at 7 m depth, La Martinique (14°30.377'N, 61°05.850'W). Collector: C. Ruiz, 16 May 2015. https://doi.org/10.1111/zoj.12480

Aspiculophora madinina gen. nov. sp. nov. C. Ruiz, G. Muricy, A. Lage, C. Domingos, S. Chenesseau & T. Pérez (2017) Holotype: MNHN-DJV180, Rocher du Diamant at 12 m depth, La Martinique (14°26.5'N, 61°03.083'W). Collector: T. Pérez, 13 June 2011. Paratype 1: MNHN DJV181, Tintamare, Les Arches at 10 m depth, Saint Martin (18°07.588'N, 62°58.248'W). Collector: C. Ruiz, 26 May 2015. Paratype 2: MNHN DJV182, Grotte Cathédrale at 16 m depth, Anse Bertrand, La Guadeloupe (16°27.740'N, 061°31.837'W). Collector: C. Ruiz, 29 May 2015. https://doi.org/10.1111/zoj.12480

Références des rapports de contrats (Union européenne, FAO, Convention, Collectivités ...)

Fauvelot C, Japaud A, Bouchon C. (2016) C3A : Connectivité des Acropora de l'Arc Antillais. Compte-Rendu final projet LabEx CORAIL, AO2014.

DEA ou MASTER 2 ayant utilisé les données de la campagne

Pedro Víctor Leocorny Ferreira (2017) Past and present scenario of the Western Atlantic sponge Clathrina aurea. BIODIVERSIDADE E BIOLOGIA EVOLUTIVA - Universidade Federal do Rio de Janeiro. Supervisor: Michelle Klautau.

Thèses ayant utilisé les données de la campagne

Laura LAGOURGUE (2019) Diversité et évolution des algues vertes Udoteaceae et Rhipiliaceae (Bryopsidales, Chlorophyta). http://www.theses.fr/s243147

Griffiths, Sarah Miriam (2018) Molecular approaches in conservation and ecology research in marine sponges. Doctoral thesis (PhD), Manchester Metropolitan University.

JAPAUD Aurélien (2017) Les coraux du genre Acropora sur les récifs des Petites Antilles : approches génétiques, écologiques et de conservation. http://www.theses.fr/2017ANTI0156

César Augusto Ruiz Pinzon (2017) Apport de la taxonomie intégrative à la compréhension des mécanismes à l'origine de la biodiversité des spongiaires dans les grottes sous-marines. http://www.theses.fr/2017AIXM0132

Daria Firsova (2017) Combining biological and chemical approaches in marine biodiscovery. https://aran.library.nuigalway.ie/handle/10379/6689

Báslavi Marisbel Cóndor Luján. (2017) Biodiversity and connectivity of calcareous sponges (Porifera: Calcarea) in the Western Tropical Atlantic. 2017. BIODIVERSIDADE E BIOLOGIA EVOLUTIVA) - Universidade Federal do Rio de Janeiro. Supervisor: Michelle Klautau. http://directorio.concytec.gob.pe/appDirectorioCTI/VerDatosInvestigador.do;jsessionid=a3ba1621f5b6a7062d7308087529?id_investigador=19180